На Гостиннодворской площади Верхнеудинска (ныне на площади Революции 1905 года г. Улан-Удэ) ранее находилась часовня святителя Иннокентия Иркутского, который 5 лет прожил в Забайкалье в 18 веке. Часовню построил в 1871 году кяхтинский купец первой гильдии Немчинов. В 1930 году часовню снесли и лишь в 1990-е годы исследователи с трудом откопали углубленный в грунт фундамент.
В конце апреля 1999 года было дано разрешение на воссоздание копии прежней часовни, в сентябре установлен крест. Новая часовня была завершена в 2002-2003 годы и по благословению епископа Читинского и Забайкальского Евстафия ее посвятили святым Царственным страстотерпцам.
С февраля 2010 года часовня мученика Царя Николая приписана к Сретенскому женскому монастырю.
